As duas principais similaridades entre as bactérias patogênicas e benéficas é que ambas são procariontes (não possuem a carioteca) e tem a reprodução assexuada como principal meio de divisão. Já a diferença está nos papéis ecológicos que ambas realizam, sendo que a benéfica vive em modo de vida livre ou em associações interespecíficas positivas, enquanto que a patogênica tem um hábito mais parasita.
A principal semelhança, e que está presente em todas as bactérias, é a ausência da carioteca, a membrana que reveste e delimita o núcleo, o que faz desses organismos seres procariontes. Além disso, são seres que tem um curto tempo de vida e uma rápida divisão celular, muito devido à reprodução assexuada que eles realizam.
A bactérias patogênicas costumam estabelecer uma relação mais parasítica com seus hospedeiros, como por exemplo a Helicobater pylori, que é responsável pela disfunção gástrica em humanos. Já as bactérias benéficas possuem um importante papel biólogico para o meio ambiente, como é o caso das bactérias Nitrosomas que participam do ciclo do Nitrogênio.
