Os Cílios e os Flagelos são estruturas especiais que contém microtúbulos num agrupamento distinto.
No corpo basal e abaixo ocorrem 9 (nove) tripletes a partir deste; para cima, restam apenas duplas de microtúbulos unidos por braços de dineína. A porção situada acima do corpo basal é designada de axonema, e a parte basal é o corpo ou corpúsculo basal. Ainda, os microtúblos centrais surgem a partir do corpo basal, portanto inexistindo abaixo deste.
Na base, os microtúbulos são designados de 'A', 'B' e 'C'. O 'C' é então reduzido, vindo a compor os braços de dineína. Tem-se então uma linha ao redor dos dois túbulos centrais além de estruturas que ligam esta "bainha" aos microtúbulos externos, 'A' e 'B'. A tubulina é a proteína com a qual os microtúbulos são construídos. Os microtúbulos agem de forma concentrada com a proteína dineína nos cílios e flagelos para propelir as células.
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