Cooperação, protocooperação ou mutualismo facultativo é toda relação ecológica harmônica, em que ambas as espécies são beneficiadas, mas uma pode viver independentemente da outra.
A protocooperação é uma relação benéfica para ambas as espécies, embora não lhes seja indispensável. Os seres associados mantêm certa independência: apenas se beneficiam das associações mais ou menos duradouras que estabelecem.
Um exemplo de protocooperação é a relação que ocorre entre o caranguejo bernardo-eremita (paguro) e a anêmona: o paguru serve de meio de transporte para a anêmona, e a anêmona protege o paguro contra o ataque de predadores (devido à presença de substâncias urticantes em seus tentáculos).
Outro exemplo de protocooperação é a relação que ocorre entre as aves-palito e os crocodilos: frequentemente existem sanguessugas e restos de comida entre os dentes dos crocodilos. Por causa disto, o crocodilo abre a boca e permite que a ave-palito pouse dentro dela para se alimentar dos restos de comida e das sanguessugas. Assim, o crocodilo fica livre desses "incômodos" e a ave-palito obtém alimento de maneira fácil e segura (porque o crocodilo não fecha a boca, e nenhum predador da ave-palito se aproxima do crocodilo).
