A saúde dos animais na produção agroecológica é alcançada através do manejo preventivo e de um ambiente que aumente suas capacidades naturais de defesa contra as doenças. Dois conceitos são importantes quando trabalhamos com sistemas de produção animal de base ecológica: resistência e resiliência. Sobre esses conceitos, podemos afirmar que: no caso da resistência, a resposta imunológica limita o estabelecimento do parasita. No caso da resiliência, os animais são capazes de conviver com os parasitas com uma redução minima da produtividade. no caso da resiliência, a resposta imunológica limita o estabelecimento do parasita. No caso da resistência, os animais são capazes de conviver com os parasitas com uma redução mínima da produtividade. a resistência é a capacidade do organismo animal conviver com os parasitas, sem trazer prejuízo ao sa zootécnico, decamnanho Marcar alternativa a resistência a determinadas enfermidades só é possível com o uso de medicamentos alopáticos.​