Com os ensinamentos da Igreja, a nova civilização se preocupava muito com a religião e a salvação de suas almas. O trabalho dos monges junto aos povos bárbaros foi de grande importância não só espiritual, mas também culturalmente, pois muito dos costumes romanos foram incorporados por esses povos. A Igreja era a detentora do saber, os livros pertenciam ao clero e ficavam confinados nas bibliotecas das igrejas, com uso exclusivo de seus membros. O ensino era voltado principalmente as doutrinas da religião católica.
a Igreja sem dúvida era a instituição mais poderosa e respeitada na Idade Média. Seu poder se confundia com o poder dos reis, uma vez que ela tinha o domínio político, econômico e cultural. Mas a convivência desses nem sempre foi pacífica, os atritos eram frequentes.
Somente à Igreja cabia a interpretação das escrituras, e quem ousasse pensar de forma diferente, seria considerado herege e estava sujeito a várias punições, que incluíam torturas psicológicas, físicas e muitas vezes a morte, que era um alívio para essas pessoas castigadas. Mas, ainda que muitos dentro da Igreja tivessem boas intenções, a história dessa instituição está manchada de sangue. Ela que começou sendo perseguida, passava a ser perseguidora no auge de seu poder.
A Igreja foi responsável pelo início das Cruzadas em 1096. Foram nove cruzadas que deixaram como saldo milhares de mortos e um aumento de hostilidade entre cristãos e muçulmanos. No ano de 1184 o Papa Lucio III no Concílio de Verona, ordenou que os bispos realizassem inquisições para localizar os que eram considerados hereges. Os condenados seriam punidos com penas canônicas pela Igreja, e entregues as autoridades seculares. Esse foi o embrião da Inquisição, onde a Igreja mostrou sua intolerância e autoridade a custa de sangue inocente. Em 1233 o Papa Gregório IX estabelece formalmente o Tribunal da Inquisição.
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