Em um congresso nos Estados Unidos, o senador Robert Kelly tenta criar um "Ato de Registro de Mutantes", que forçaria todos os mutantes a revelar publicamente as suas identidades e capacidades especiais. Erik Lensherr, o Magneto, um mutante capaz de controlar o metal e velho amigo do professor Xavier, inicia seus planos para estabelecer um nível de igualdade entre mutantes e humanos. Enquanto isso, uma adolescente chamada Marie (Vampira) foge de casa no Mississippi depois de ter sugado a energia vital do namorado com um beijo, deixando-o em coma. Nas estradas do Canadá, ela conhece o também mutante Wolverine, que decide lhe dar uma carona. De repente, eles são atacados por Dentes-de-Sabre, um membro da irmandade mutante de Magneto e meio-irmão de Wolverine. Ciclope e Tempestade aparecem e salvam Wolverine e Vampira, levando-os para a Mansão X. O professor Charles Xavier lidera a instalação e um grupo de mutantes dispostos a encontrar a paz com a raça humana, educando os jovens mutantes para o uso responsável dos seus poderes e a parar os planos de Magneto de iniciar uma guerra contra a humanidade. O senador Kelly é raptado por Mística e Groxo e levado até as instalações de Magneto em alto mar, onde é testado numa máquina que transforma humanos em mutantes, embora momentos depois, o senador consegue fugir com os seus poderes recém-adquiridos. Na Mansão, depois de um acidente causado por Vampira a Wolverine, envolvendo seus poderes, esta é convencida por Mística, disfarçada de Bobby Drake, o Homem de Gelo, que Xavier está zangado com ela e que ela deverá deixar a escola imediatamente. O professor usa o "Cérebro", uma máquina capaz de encontrar mutantes, para localizar Vampira, que está em uma estação de trem. Mística, ainda disfarçada, invade o Cérebro e coloca um vírus na máquina, para impedir Xavier de rastrear outros mutantes, em especial Magneto. Na estação, Wolverine revela para Vampira que Xavier não está zangado com ela e a convence a voltar para a Mansão, mas uma luta se inicia envolvendo também Ciclope e Tempestade quando Magneto, Groxo e Dentes-de-Sabre chegam e capturam Vampira. O senador Kelly chega à Mansão e revela os planos de Magneto para Xavier e os outros mutantes. Xavier está prestes a localizar Vampira novamente, quando leva um choque e entra em coma devido ao vírus que Mística implantou no Cérebro. Jean concerta o Cérebro e resolve usá-lo para encontrar Magneto, que está na Estátua da Liberdade, com a intenção de ativar sua máquina e afetando primeiramente os líderes de uma conferência que acontecia ali perto. Com a chegada do grupo ao monumento, Groxo, Dentes-de-Sabre e Mística são derrotados, enquanto Magneto transfere seus poderes para Vampira, que é forçada a usá-los para iniciar a máquina. Presos por Magneto, Wolverine consegue se soltar, e com a ajuda de Jean e Tempestade, é levado ao topo da estátua para parar Magneto, que usa seus poderes para controlar Wolverine, impedindo-o de estragar seus planos. Com seus poderes telecinéticos, Jean tira os óculos especiais de Ciclope, que com uma rajada de luz, acerta Magneto e ajuda Wolverine a destruir a máquina. Wolverine toca em Vampira para que ela absorva seus poderes de cura, com êxito. O professor Xavier recupera-se do seu coma e o grupo descobre no bloco noticiário que Mística segue na ativa e está disfarçada de senador Kelly. Xavier, numa tentativa de ajudar Wolverine a descobrir sobre o seu passado, envia-o para uma base nuclear no lago Alkali. Xavier visita Magneto em sua prisão de plástico. Magneto adverte ao amigo que a prisão não irá detê-lo para sempre, e que, assim que escapar, irá continuar a sua luta pela igualdade mutante, e Xavier por sua vez, promete estar junto com a sua equipe para o detê-lo. Agora coloque as partes do enredo na sua ordem correta, enumerando-as: ( ) Magneto tenta destruir os X-MEN. ( ) Professor Xavier tem uma escola especial para mutantes. ( ) Wolverine se junta aos mutantes da escola. ( ) Professor Xavier é aprisionado por Magneto. ( ) Os X-MEN salvam todos os mutantes.
