Suas principais decisões conciliares foram: condenar a venda de indulgências, conforme Lutero já as combatera e a igreja romana admitiu seu erro; condenou a intervenção de príncipes nos negócios da Igreja; condenou a doutrina protestante de justificação apenas pela fé e reafirmou que a salvação é pela fé e também pelas obras; que a missa deve ser ressaltada em sua importância na liturgia; ainda confirmou cultos aos santos, à virgem Maria e relíquias; reativou o Tribunal do Santo Ofício (Inquisição); reafirmou a doutrina da infalibilidade papal, do pecado original, da existência do purgatório e dos sete sacramentos (batismo, confirmação ou crisma, confissão, eucaristia ou comunhão, matrimônio, ordem e extrema unção); confirmou a indissolubilidade do casamento, mas o proibiu para membros do clero (celibato clerical) e criou seminários para formar seus sacerdotes. Também estabeleceu decretos e metas para a unidade católica, fortalecendo sua hierarquia.
