Os chamados ‘encomenderos’ reuniam os grupos indígenas nos seus locais de trabalho e neste espaço eles eram doutrinados por missionários que integravam, normalmente, as ordens religiosas mais comuns nesta época. Além de tudo, os nativos ainda tinham que prover as necessidades de seus doutrinadores. Mas foi da parte destes que apareceram delações sobre os maus tratos a que estes trabalhadores eram submetidos por parte dos ‘encomenderos’
Estas reclamações, somadas ao catastrófico genocídio dos povos indígenas, ocorrido neste período, conduziram ao esgotamento desta fórmula de trabalho em fins do século XVII. Isto não impediu, porém, que a encomienda sobrevivesse em alguns pontos até o século XVIII. Aos poucos esta forma de trabalho compulsória foi se transmutando em um outro tipo de escravidão, a do negro trazido à força da África
