A Flona do Amapá possui um perímetro de 423,64Km e é limítrofe a outros cinco municípios: ao sul a Flona faz limite com os municípios de Porto Grande, Serra do Navio e uma pequena porção de Pedra Branca do Amapari; a noroeste a UC é limítrofe ao Município de Calçoene e, a leste, faz limite com o Município de Tartarugalzinho. Na região da FLONA existem duas UC que compreendem grande parte do seu entorno: o Parque Nacional (PARNA) Montanhas do Tumucumaque (localizado na porção noroeste da Flona) e a Floresta Estadual do Amapá (Flota). Além das UCs, compõem o entorno projetos de assentamento do INCRA.
O principal acesso é pelo Rio Araguari, saindo do município de Porto Grande, por 50 km de rio. O ponto de chegada é no encontro dos rios Araguari com Falsino, onde está a base operacional da gestão da FLONA.Ainda é possível chegar aos limites da Flona, através de um ramal de 3 km, que liga o município de Serra do Navio as margens do Rio Araguari.No entanto, suas condições são bem precárias.
