A Mata Atlântica possui cerca de 9,1% (101.852 km2) do seu território original protegido em unidades de conservação, entre públicas e privadas, sendo apenas 2% em unidades de proteção integral (parques, reservas biológicas etc.).39 Nos últimos dez anos, foram criadas, na Mata Atlântica, mais de 60 unidades de conservação públicas de proteção integral, entre federais e estaduais, especialmente em regiões biologicamente muito importantes, como as Florestas de Araucária (Paraná e Sana Catarina), o Corredor de Biodiversidade Central da Mata Atlântica (Sul da Bahia, Espírito Santo e uma pequena parcela do nordeste de Minas Gerais), e o estado do Rio de Janeiro. Embora muito importante, a criação dessas unidades de conservação, de forma planejada e integrada, em áreas estratégicas do bioma, não conseguiu ampliar de forma significativa a rede de proteção integral, como era de se esperar para uma região de elevada diversidade biológica.
A Mata Atlântica ainda está longe de alcançar os 17% de cobertura em áreas protegidas estabelecidos nas metas da Convenção sobre a Diversidade Biológica e ratificada pelo governo brasileiro. A situação se torna mais preocupante devido à crescente degradação e redução da vegetação nativa, no interior das unidades de uso sustentável, principalmente das Áreas de Proteção Ambiental40, que predominam, em termos de área, no sistema de proteção oficial. Além disso, a Mata Atlântica é o bioma com maior antropização da paisagem e que concentra a maior parcela da população do país. Esta situação aumenta e complexifica os conflitos em torno do uso da terra, pressionando as unidades de conservação já existentes e diminuindo, cada vez mais, as chances de ampliação dessa rede de proteção oficial. Entretanto, ainda existem remanescentes naturais em boas condições de conservação e com alto potencial de proteção de áreas-chave, em várias localidades no bioma. O ICMBio, estados e municípios possuem dezenas de estudos e propostas para criação de unidades de conservação, com base em informações e avaliações científicas, que devem ser analisadas e conduzidas, de forma participativa, para sua implementação.
