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ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS NUCLEOTÍDICAS (DNA)
Os exercícios solicitados devem ser realizados utilizando como referência as sequências, em formato FASTA, indicadas abaixo:
>Amostra1
ACTTTTACCTCCTGCATTAACTTTACTATTAGTAAGTAGTATAGTAGAAAATGGAGCTGGAACAGGATGAACTGTTTACCCTCCCCTATCTTCTAAT
ATTGCTCACGGAGGAGCTTCTGTTGATTTAGCAATTTTTTCCTTACACCTAGCCGGAATCTCTTCAATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTACAACTG
TAATTA
>Amostra2
ACTTTTACCTCCTGCATTAACTTTATTATTAGTAAGTAGTATAGTAAAAAACGGAGCTGGAACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTATCTTCTAAT
ATTGCTCACGGAGGAGCTTCAGTTGATCTAGCTATTTTCTCTCTTCATTTAGCCGGAATTTCATCAATTTTAGGAGCAGTAAATTTCATTACAACTG
TAATTA
>Amostra3
ACTTTTACCTCCTGCCTTAACTTTATTATTAGTAAGTAGTATAGTAGAAAACGGAGCTGGAACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTATCTTCTAAT
ATTGCTCACGGAGGAGCTTCAGTTGATCTAGCTATTTTCTCTCTTCATTTAGCCGGAATTTCATCAATTTTAGGAGCAGTAAATTTCATTACAACTG
TAATTA
>Amostra4
ACTTTTACCTCCTGCATTAACTTTATTATTAGTAAGTAGTATAGTAGAAAATGGGGCTGGAACAGGATGAACTGTTTACCCACCTTTATCTTCTAAT
ATTGCTCATGGAGGAGCATCAGTTGATTTAGCTATTTTCTCTTTACATTTAGCAGGAATTTCTTCAATTTTAGGAGCTGTAAACTTCATTACAACTG
TAATTA
>Amostra5
ATTACTACCTCCTGCTTTAACATTATTGTTAGTAAGCAGTATAGTAGAAAAGGGAGCTGGTACAGGATGAACAGTTTACCCTCCTTTATCATCTAAT
ATTGCTCATGGAGGAGCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGAATTTCTTCTATTTTAGGAGCTGTAAATTTTATTACAACTG
TAATTA
>Amostra6
ACTCTTACCTCCCTCTCTCCTACTCCTGCTCGCATCTGCTATAGTGGAGGCCGGAGCAGGAACAGGTTGAACAGTCTACCCTCCCTTAGCAGGGAAC
TACTCCCACCCTGGAGCCTCCGTAGACCTAACCATCTTCTCCTTACACCTAGCAGGTGTCTCCTCTATCTTAGGGGCCATCAATTTCATCACAACAA
TTATCA
Os alinhamentos devem ser realizados utilizando-se o programa ClustalO disponível “on-line” no site abaixo:
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
Critérios do programa:
1) selecionar DNA em “Enter or paste a set of ____” ao invés de PROTEIN;
2) no quadro do STEP 1: “colar” as sequências que serão alinhadas (no formato FASTA incluindo o sinal > e o título da sequência);
3) No STEP 2: manter parâmetro “default”/padrão;
4) Clicar no botão SUBMIT no STEP 3 e aguardar a construção do alinhamento.
Procedimentos (não entregar os alinhamentos), apenas preencher a tabela com base na análise dos alinhamentos:
A. “Pairwise alignment” (alinhamento par-a-par):
1. Alinhe as seqüências 1 e 2;
2. Alinhe as seqüências 1 e 3;
3. Alinhe as seqüências 1 e 4;
4. Alinhe as seqüências 1 e 5;
5. Alinhe as sequências 1 e 6;
6. Alinhe as sequências 2 e 3 (2 e 3 = mesma espécie; indivíduos diferentes)
B. Alinhamento múltiplo (por curiosidade)
Alinhe de uma vez TODAS as sequências de 1 a 6.
Questão 1: Qualifique (como transição ou transversão) as divergências nucleotídicas identificadas nos alinhamentos par-a-par e quantifique a ocorrência de cada classe de substituição nucleotídica = transições e transversões (atenção: transversão = G ou A (purina) substituída por C ou T (pirimidina) ou vice-versa; transição = A substituída por G e C substituída por T, ou vice-versa – não muda de classe: purina por purina e pirimidina por pirimidina).
