Um dos principais fatorem foram as diferentes formas de exploração do território, enquanto colonos leigos visavam as drogas do sertão e a mão de obra dos indígenas, os cleros pretendiam buscar o maior numero de adeptos a religião católica.
Anteriormente o Brasil era separado de acordo com o Tratado de Tordesilhas, e sendo um território mundo vasto haviam expedições para controlar o território, havendo exploração de diversas regiões, e juntamente com isso vieram também religiosos, chamados também de missionários, que tinham como objetivo controlar pessoas da região, convencendo os indígenas a abandonarem suas crenças e seus costumes e adotando hábitos europeus, os religiosos tinham como desculpa estar civilizando aqueles que seriam selvagens.
Nesta época também haviam colonos leigos, não associados a religiões, que também participaram da colonização, explorando mão de obra indígena para extração das chamadas drogas do sertão.
Logo, estes colonos leigos e os missionários tinham objetivos diferentes na exploração dos indígenas, e isso que marcou as várias disputas entre eles.
Religiosos estavam buscando novos adeptos para a religião já que na Europa muitos católicos estavam se convertendo a novas religiões. Eles tinham direito a tutela dos índios determinada pela coroa portuguesa, sendo reesposáveis por parte dos escravos, mas para os colonos a prioridade era assegurar a participação dos indígenas nas atividades produtivas e de extração, e sua colaboração na defesa do território.
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