Para se estabelecer a origem dos grupos taxonômico, tais como filos recorrer-se a filogenia, a ciência que estuda as principais linhas de evolução que levaram a extinção de determinados grupos e desenvolvimento dos actuais. As possíveis filogenética baseia-se em critérios fundamentais, por exemplo de homologia. Diz-se que dois órgãos são homólogos quando apresentam?