Os ósseos ou Osteichthyes têm uma membrana, o opérculo , que recobre suas fendas branquiais. A ausência dessa estrutura nos cartilaginosos (Chondrichthyes) faz com que suas fendas branquiais, que podem variar de cinco até sete, se tornem evidentes. Outra diferença anatômica aparece na região das nadadeiras pélvicas. Nos machos cartilaginosos há uma estrutura chamada clásper que auxilia na fecundação interna. Os ósseos não têm essa estrutura, pois a fecundação é externa. Outra diferença é notada na região da cabeça dos peixes cartilaginosos, especialmente no focinho. Ali, são encontrados orifícios chamados de ampolas de Lorenzini, os principais responsáveis pela percepção da alteração da temperatura da água, pressão e especialmente de descargas e létricas. Na anatomia interna também há diferenças. Os peixes ósseos, salvo algumas exceções, como o linguado, por exemplo, têm uma estrutura conhecida como vesícula
gasosa ou bexiga natatória, uma bolsa cheia de ar, cuja função é ajudar o peixe a flutuar.
