Quando eclodiu a Revolução do Porto em portugal, que instaura as Cortes de Lisboa; estas obrigam o monarca a retornar a Portugal. Ele deixa o Rio de Janeiro em 26 de abril de 1821, com três mil cortesãos, permanecendo no Brasil seu herdeiro, o príncipe d. Pedro como regente. Em Portugal, d. João VI vê-se forçado a governar sob restrições constitucionais, mas não por muito tempo. Em maio de 1823, um levante militar promovido por seu filho, o infante d. Miguel, abole a Carta recém-promulgada. D. João VI volta a governar como rei absoluto, embora prometendo uma nova Carta. Um ano depois, outro movimento, liderado também por d. Miguel, tenta depor o rei, considerado por demais conciliador, e substituí-lo pela rainha Carlota Joaquina. Refugiando-se a bordo do navio inglês Winston Castle, d. João VI consegue afastar d. Miguel do comando das armas e forçá-lo ao exílio. Em 1825, o monarca reconhece a Independência do Brasil. No ano seguinte, morre em Lisboa, em meio a suspeitas de envenenamento.
