Em 1540, surge a Companhia de Jesus, fundada pelo basco Inácio de Loyola, foi uma das principais organizações contrarreformadoras, eles atuaram nas colônias da Asia, Africa e das Américas, através do processo de catequização e agregando pessoas ao mundo católico. Os jesuítas tiveram grande importância em dois principais aspectos, Primeiro por serem os principais professores universitários das universidades Europeias e a ação evangelizadora dos soldados de cristo nos domínios imperiais, facilitando a dominação das colônias pelas metrópoles e também proibindo que idéias protestantes fossem espalhadas pelas colônias.
Os Jesuítas chegaram ao Brasil em 1549, chefiados pelo padre Manoel de Nobrega, que juntamente ao Padre José de Anchieta organizaram as missões. Eles queriam catequizar e conquistar pacificamente a simpatia da população indígena e fizeram da educação um agente eficiente da colonização.
