Essa dificuldade ocorre pelo fato do vírus HIV, gripe serem retrovírus ou RNAvirus, estes tipos de vírus contém a enzima Transcriptase reversa que tem a função de fazer uma transcrição reversa, ou seja, este tipo de vírus fabrica DNA a partir do RNA, onde os outros fazem RNA a partir do DNA. Nesta etapa estes tipos de vírus sofrem várias mutações e sofrem também modificações em seu RNA "original" e algumas características deste virus mudam pois ele também agregam algumas caracteristicas genéticas do hospedeiro, assim o vírus que infectou uma célula tem "X" RNA, faz a transcriptase utilizando também o material genético da célula, forma o seu DNA, injeta no núcleo da célula e lá a síntese é feita e o RNA viral (no caso novos vírus) produzido não é necessariamente mais o "X" podendo digamos ser "xy" pois ele agregou novas características genéticas da célula. Resumindo, uma vacina funciona em um determinado vírus com código genético "X", mas depois de um tempo em uma nova infecção por gripe por exemplo, o vírus retorna com o código genético alterado como "xy", ae a vacina não funciana ou seu efeito é mínimo pois ela é feita para o "X". Claro que estas mutações não são feitas em explosões absurdas de velocidade, mas mesmo assim é o suficiente para quase sempre deixarem as vacinas um passo atráz de suas modificações genéticas.
