Em 1621, ele dividiu o Brasil novamente, criando o Estado do Maranhão, com a capital na cidade de São Luís (posteriormente o Estado passou a ser chamado de Maranhão e Grão-Pará), o novo Estado perfazia as capitanias do Maranhão, Piauí, Pará e Ceará, e possuíam um governo próprio, a parte do restante da colônia. O restante da colônia passou a ser chamado de Estado do Brasil, sendo Salvador ainda sua capital.
Na altura de 1763, estando as terras do Brasil divididas em nove capitanias gerais (Pará, Maranhão, Pernambuco, Bahia, Rio de Janeiro, São Paulo, Minas Gerais, Goiás e Mato Grosso) e oito subalternas (Rio Negro, Piauí, Ceará, Paraíba, Rio Grande do Norte, Espírito Santo, Santa Catarina e Rio Grande do Sul), a centralização já alcançaram a sua maior concentração. Todas as capitanias hereditárias desapareceram"
