O povoamento brasileiro, no século XVI, se limitou em territórios litorâneos próximos ao oceano Atlântico onde desenvolveram inúmeras lavouras de cana-de-açúcar no Recôncavo Baiano e no Nordeste, o que resultou na transferência da pecuária, que antes se desenvolvia na Zona da Mata nordestina, para o sertão nordestino. Neste período começa o extermínio indígena que foi tanto físico (genocídio) quanto cultural (etnocídio).
No século XVII, aconteceram as primeiras expedições denominadas bandeiras, que povoou em grande escala o território brasileiro, principalmente nas extremidades do Rio Amazonas, do Rio São Francisco e do sertão nordestino. Os portugueses, em maior número que os nativos, dominaram a região e começaram a capturar os nativos para juntos buscarem ouro e pedras preciosas. Em 1616, fundaram Belém do Pará.
