As Capitanias Hereditárias fracassaram pois não havia, na maioria dos territórios nacionais, recursos facilmente exploráveis, infraestrutura já estabelecida ou grande apoio da Coroa Portuguesa às iniciativas dos colonos.
O projeto durou cerca de 15 anos (de 1534 até 1549, quando foi instituído o Governo-Geral), e só teve sucesso relativo na Capitania de Pernambuco e na de São Vicente, onde se concentravam as atividades extrativistas do Pau-Brasil e o plantio da Cana-de-Açúcar.
Com o modelo de Governo-Geral, em que havia a presença efetiva da Coroa no país e investimentos de base que facilitaram a alocação dos colonos, a colonização brasileira começou a crescer mais rapidamente.
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