A estrutura funcional é um tipo de estrutura organizacional em que o critério utilizado na departamentalização é o da divisão por funções ou áreas do conhecimento como sejam (função financeira, aprovisionamentos, comercial e marketing, recursos humanos, produção, etc.). Esta forma de estrutura apresenta como principais vantagens o facto de proporcionar a especialização dos trabalhadores por áreas do conhecimento, além de permitir a fixação de padrões de desempenho e facilitar o recrutamento, a selecção e a formação de novos trabalhadores. Quanto às desvantagens, este tipo de estrutura continua, tal como na estrutura hierárquica simples, a apresentar alguma rigidez estrutural e excessiva dependência do topo da hierarquia.
Existem também estruturas funcionais, onde além das relações de hierarquia, existem relações funcionais entre os diversos departamentos. Este tipo de estruturas além de continuar a proporcionar uma elevada especialização, a facilitar o recrutamento, selecção e formação e a fixação de padrões de execução, anula parte das desvantagens relacionadas com a excessiva dependência do topo da hierarquia e com a rigidez estrutural. Contudo, passa a existir uma maior dificuldade de coordenação das actividades, dada a sua maior complexidade e a multiplicidade de chefias. Um exemplo da aplicação deste tipo de estruturas é o caso de organizações com várias unidades fabris ou centros de operação e que optam pela existência de apenas um departamento em cada área de apoio (áreas financeiras, comercias, marketing, recursos humanos, administrativas, entre outras).
