Motivos que eu conheço: tavam quebrando o pau na Europa (pra variar um pouco) e Napoleão ordenou um bloqueio continental contra a Inglaterra, ou seja, todos os países Europeus estavam proibidos de comercializar com a Inglaterra e se fizessem isso seriam invadidos pelas tropas napoleônicas. Portugal ficou numa situação bem complicada, porque Portugal e Inglaterra sempre foram aliados, então ou D. João desrespeitava o bloqueio e levava de Napoleão ou respeitava e acabava com séculos de parceria com os ingleses e estes invadiriam o Brasil (maior e mais produtiva colônia portuguesa).
A saída que D. João encontrou foi se mudar de mala e cuia pro Brasil (escoltado pela frota inglesa, a mais poderosa da época (quiçá até os dias de hoje), trazendo família, criados e piolhos para Salvador e depois se mudou pro Rio de Janeiro, ferrando com um monte de famílias cariocas que foram despejadas de suas casas para abrigar os portugueses e seus piolhos.
Essa vinda da família real deu certa autonomia ao Brasil, que foi elevado de colônia à sede real, mas o Rei acabou retornando à Portugal quando Napoleão se ferrou lá na Europa.
